As atividades da Academia são coordenadas por uma Diretoria formada por um presidente, um vice-presidente, seis vice-presidentes regionais e cinco diretores, eleitos a cada triênio pelos Membros Titulares da casa, sendo permitida a reeleição.
Para o triênio de 2025 a 2028, a Diretoria eleita está composta da seguinte forma:
Presidente
Helena Bonciani Nader
Vice-Presidente
Jailson Bittencourt de Andrade
Vice-Presidentes Regionais
Norte: Adalberto Luis Val
Nordeste e Espírito Santo: Anderson Stevens Leonidas Gomes
Minas e Centro-Oeste: Mercedes Maria da Cunha Bustamante
Rio de Janeiro: Patricia Torres Bozza
São Paulo: Glaucius Oliva
Sul: Ruben George Oliven
Diretores
Diretora-Secretária-Geral: Mariangela Hungria
Diretora-Secretária Institucional: Débora Foguel
Diretor-Tesoureiro: Alvaro Toubes Prata
Diretora de Cooperação Institucional: Virgínia Sampaio Teixeira Ciminelli
Diretor de Comunicação: Luiz Drude de Lacerda
Além da Diretoria, a instituição conta com o Conselho Fiscal, eleito para o período de 2025 a 2028.
Eliete Bouskela
Fernando Cosme Rizzo Assunção
Livio Amaral
José Roberto Boisson de Marca
Vanderlan da Silva Bolzani
Membro Nato
Presidente: Helena Bonciani Nader
Membros Eleitos
Com mandato até maio de 2026
Sylvio Roberto Accioly Canuto (Ciências Físicas)
Luiz Carlos Dias (Ciências Químicas)
Antonio Egidio Nardi (Ciências da Saúde)
José Oswaldo de Siqueira (Ciências Agrárias)
Com mandato até maio de 2027
Constantino Tsallis (Ciências Físicas)
Alexander Wilhelm Armin Kellner (Ciências da Terra)
Mara Helena Hutz (Ciências Biológicas)
Márcia Walquíria de Carvalho Dezotti (Ciências da Engenharia)
Com mandato até maio de 2028
Maria José Pacífico (Ciências Matemáticas)
Célia Regina Ribeiro da Silva Carlini (Ciências Biomédicas)
Esper Abrão Cavalheiro (Ciências Biomédicas)
Sérgio França Adorno de Abreu (Ciências Sociais)
Alberto Henrique Frade Laender
Antonio Gomes de Souza Filho
Edson Hirokazu Watanabe
Mara Helena Hutz
Nadya Araujo Guimarães
