Devido a razões históricas, a atividade científica no Brasil se concentrou principalmente em São Paulo e no Rio de Janeiro. Em 1995, São Paulo contava com cerca de 40% dos grupos de pesquisa do país, tal como reconhecidos pelo CNPq, e com 47% das publicações científicas brasileiras à época. O Rio de Janeiro ocupava a segunda posição, contando com 19% dos grupos de pesquisa e contribuindo com 22% dos artigos publicados.
Estes dados indicavam haver uma grande concentração da atividade científica no Brasil. Felizmente, iniciativas tomadas ao longo dos últimos 15 anos vêm, gradativamente, mudando o quadro da distribuição da atividade científica no Brasil. Entre elas, destacamos: (a) a exigência dos títulos de mestrado e doutorado para as posições acadêmicas nas universidades e institutos de pesquisa em todo o país; (b) o estímulo da Capes, do CNPq e de fundações estaduais de apoio à pesquisa para a criação de cursos de pós-graduação em todos os estados; (c) o estabelecimento pelo MCT, em 1999, dos fundos setoriais, com previsão legal de que 30% dos recursos deveriam ser aplicados em instituições do Norte, do Nordeste e do Centro-Oeste (como consequência, no período 2000-2010 houve um investimento da ordem de R$ 9 bilhões, sendo que um terço em instituições das regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste), (d) a decisão do MCT, em 2003, de estabelecer convênios com as Faps, repassando recursos desde que com contrapartida financeira; e (e) a criação pelo CNPq e pela Capes de programas conhecidos como “casadinho” e Procad, em que cursos de pós-graduação de excelência apoiam os cursos emergentes. Estas medidas estão levando a uma mudança significativa no quadro da atividade científica brasileira.
Os dados de 2010 apontam para a continuidade da liderança de São Paulo, mas agora com 23% dos grupos de pesquisa e 37,4% dos artigos publicados. O Rio vem em segundo lugar, com 12% dos grupos de pesquisa e 13,4% dos artigos publicados. Minas Gerais e Rio Grande do Sul ocupam a terceira e quarta posições, com 9,7% e 12% dos grupos de pesquisa e 10,6% e 10,5% dos artigos publicados, respectivamente. Ainda persiste um quadro de concentração, mas, obviamente, menos dependente de São Paulo e Rio de Janeiro.
Por outro lado, a análise da série histórica indica uma tendência de maior distribuição da atividade científica nos estados do Paraná, Ceará, Santa Catarina, Pernambuco, Bahia e no Distrito Federal. É importante assinalar que a queda no percentual relativo de publicações em São Paulo (de 46,73% para 37,4%) e Rio (de 22% para 13,3%) não reflete um decréscimo na atividade científica desses estados. Todos cresceram significativamente em valores absolutos, contribuindo para o aumento crescente da produção científica brasileira, que passou da 23ª posição em 2002 para a 13ª em 2009.