Filho de italianos que imigraram para o Brasil, Ernesto Paterniani nasceu em 1928, em São Paulo. No ano seguinte, a família transferiu-se para Piracicaba, onde Ernesto fez o ensino básico e cursou a Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ), formando-se Engenheiro Agrônomo em 1950.
Em 1951, com bolsa da Fundação Rockefeller, passou um ano no Programa Agrícola Mexicano, e seis anos depois, apoiado pela mesma entidade, passou um semestre na Universidade de Nebraska e outro na Universidade de Iowa, trabalhando sempre com melhoramento de milho.
Exerceu atividades de docência e pesquisa no Departamento de Genética da ESALQ, de 1952 a 1983, quando se aposentou. O Prof. Paterniani foi responsável pelo Banco de Germoplasma de Milho, tendo efetuado viagens de coleta visitando agricultores, reservas indígenas e países adjacentes do Brasil. Suas pesquisas foram dirigidas para a identificação e avaliação de raças de milho e métodos de melhoramento de populações, tendo desenvolvido inúmeras variedades melhoradas.
Em 1962 e 1963 exerceu o cargo de Professor Titular na Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Rio Claro para ministrar os cursos de Genética e de Evolução, atendendo ao convite do Prof. Warwick Kerr para substituí-lo. Em decorrência do curso de Evolução, determinou a distância efetiva de dispersão do pólen de milho no campo e conduziu seleção para isolamento reprodutivo entre duas populações de milho, pesquisa que se tornou clássica nos cursos de Evolução de vários países.
O Prof. Paterniani desenvolveu atividades administrativas na ESALQ, como chefe do Departamento de Genética, diretor do Instituto de Genética, coordenador do Curso de Pós-Graduação em Genética e Melhoramento de Plantas, presidente da Comissão de Pós-Graduação e membro de várias outras comissões.
Atuou como consultor da Embrapa de 1983 a 1986, Membro do Technical Advisory Committee (TAC) e do Consultative Group on International Agricultural Research (CGIAR) de 1987 a 1990. Foi um dos Membros Fundadores da Academia de Ciências do Estado de São Paulo em 1975 e tornou-se Membro Titular da Academia de Ciências do Terceiro Mundo em dezembro de 1994.
Entre os diversos prêmios que recebeu estão o Prêmio Fondazione Prof. Tito V. Zapparoli (Itália,1978); Prêmio Almirante Alvaro Alberto (CNPq, 1988); Prêmio Frederico Menezes Veiga (Embrapa,1992). Em 1995 recebeu a Comenda da Ordem Nacional do Mérito Científico do Presidente da República do Brasil, recebendo a Grã-Cruz no ano 2000. Foi o recebedor do 50º Prêmio Fundação Bunge 2005 em Agronegócios.
Recentemente, teve importante papel na aprovação da Lei Nacional de Biossegurança. Ernesto Paterniani foi um dos mais importantes nomes do agronegócio do país. A Academia lamenta essa perda e presta homenagens à família.