Os Anais são a publicação oficial da Academia, sendo publicada de forma ininterrupta desde 1929, tornando-a a mais antiga revista científica brasileira. Antes desta data, a revista oficial da Academia era chamada de Revista da Sociedade Brasileira de Sciencias (1917/19), depois de Revista de Sciencias (1920/22) e em seguida passa a ser denominada Revista da Academia Brasileira de Sciencias (1926 e 1928), sempre com publicação irregular. Ainda nesta fase, vale destacar o artigo publicado, em 1926, por Einstein, sobre a teoria da luz.

A sua finalidade é a publicação de resultados originais de pesquisa nos ramos da Ciência abrangidos pelas Seções da Academia. A Comissão Editorial coordena a avaliação dos artigos a serem publicados. A publicação é trimestral. Eventualmente, números temáticos tem sido publicados a critério da diretoria como Suplementos aos Anais.